Сейчас, когда говорят база данных, то подразумевают реляционные БД, я уверен, что редкий программист не слышал акроним SQL, именно этот язык запросов используется для работы с реляционной моделью данных и часто обыгрывается в названии СУБД, например: MySQL, PostgreSQL, MSSQL, SQLite и многие другие. Реляционная модель имеет много положительных сторон: целостность, не избыточность, предсказуемость. Но это в теории, на практике же часто приходится поступаться этими принципами в угоду производительности.

Кроме этого существуют серьезные проблемы с масштабированием реляционных БД, для этого используют различные репликации, но это скорее костыль чем решение. Именно поэтому, чаще всего узким местом веб-проектов являются базы данных. Современные высоконагруженные сайты, справляются с этой проблемой с помощью кэширования — связка memcached+mysql уже стала стандартом де факто. Вполне предсказуемо, что появились новые модели данных, которые проектировались с целью избавиться от проблем реляционной модели.